درّس الشيخ محمد كاظم الخاقاني أغلب الدروس الحوزوية في كل من مدينة قم و ريف دمشق عند السيدة زينب (عليها السلام) كما وأنه درّس في الجامعة العالمية للعلوم الإسلامية خمس سنوات. وقد درس الشيخ محمد كاظم الخاقاني مقدمات العلوم الإسلامية على يد والده وآية الله الشيخ محمود المحسني ودروس السطوح العالية على يد والده أيضا وأما بحث الخارج فأتمه على يد والده و على يد اكابر العلماء في قم المقدسة.